Groupe constitué de polymorphismes (voir art.), actuellement le plus souvent utilisé pour analyse. De petits tronçons d’ADN avec répétition de la même séquence d’ADN : les séquences d’ADN répétées sont soit des dinucléotides; par ex. : Cytosine, adénosine (CA), des trinucléotides (CAG) ou des tétranucléotides (il existe de nombreuses variantes). Par leur nombre de répétitions différentes, ces séquences répétitives observées dans la population sont très polymorphes (c.à.d. qu’il existe beaucoup d’allèles différents qui interviennent souvent). Les microsatellites sont analysés par la méthode PCR : des répétitions de séquences différentes créent des produits PCR de tailles différentes.